Antecedentemente alla costruzione di Palazzo Te, l’isola del Tejeto ospitava le scuderie della famiglia Gonzaga. Esse dovevano presentare uno schema con ambienti disposti in maniera quadrangolare. L’inglobamento e il reimpiego di tali strutture nella villa giuliesca è testimoniato dalla presenza di frammenti affrescati nei sottotetti dell’ala nord. Tali pitture, risalenti al 1502, consistono essenzialmente in porzioni di fregi vegetali di chiara ispirazione mantegnesca, figure di puttini ed elementi architettonici dipinti.
La corte quadrata si pone inoltre come una chiara citazione della forma della villa antica, residenza signorile di campagna, essendo l’antico un costante punto di riferimento per Giulio Romano come per altri artisti del Cinquecento.
Il palazzo viene costruito e decorato nell’arco di circa dieci anni (1525 – 1535) e la sua struttura originaria è stata parzialmente modificata nel corso dei secoli. Infatti, tra la fine del 1500 e la prima metà del 1600, vengono realizzati ulteriori corpi di fabbrica, quali: la Grotta, l’Esedra e le Fruttiere. Inoltre, nella seconda metà del 1700 l’architetto veronese Paolo Pozzo opera restauri e rifacimenti che investono tetti, pavimenti e apparato pittorico e interviene cambiando l’assetto della facciata sulle peschiere.
Nonostante tali interventi, l’architettura e l’apparato decorativo di ogni singolo ambiente non cessano mai di incarnare appieno il momento di passaggio dagli splendori rinascimentali alle invenzioni manieriste, delle quali Giulio Romano rimane un protagonista indiscusso.