Il piano superiore del palazzo accoglie notevoli raccolte d’interesse documentario e artistico. La Donazione “Arnoldo Mondadori” espone opere di Federico Zandomeneghi e Armando Spadini, pittori tra i principali del periodo tra Otto e Novecento.
La Collezione Mesopotamica “Ugo Sissa”, tra le pochissime in Italia, presenta circa 250 reperti relativi alle antiche civiltà sviluppatesi tra il Tigri e l’Eufrate.
La Sezione Gonzaghesca riunisce pesi e misure in bronzo dell’antico stato dei Gonzaga, nonché conii, punzoni, medaglie e monete di Mantova e dei principati minori.
La Raccolta Egizia, collezionata dal mantovano Giuseppe Acerbi, comprende sculture in marmo, bronzo e legno, oltre a numerosi oggetti legati ai riti funerari e al culto delle divinità.